Warsztaty inżynierskie

Biotechnologia stosowana roślin

I stopnia

ogólnoakademicki

obowiązkowy

siódmy

Student powinien posiadać podstawowe wiadomości z zakresu: genetyka, organizacja genomu roślinnego, analiza matematyczna, statystyka, biochemia umożliwiających zrozumienie zjawisk biologicznych. Student powinien posiadać podstawową wiedzę odnośnie zjawisk naturalnych włączając fizjologię, komórkową i molekularną podstawę funkcjonowania organizmów roślinnych. Student powinien posiadać podstawowe umiejętności pracy z komputerem, w tym poruszania się w Internecie.

Jan Szopa-Skórkowski

jan.szopa-skorkowski@upwr.edu.pl

Głównym celem kursu jest zaznajomienie uczestników z badaniami in silico w obszarze genetyki i biologii molekularnej. Studenci uzyskają rozszerzoną wiedzę na temat wyszukiwania sekwencji genetycznych, sekwencji białkowych, szukania homologii genetycznej, projektowania starterów do reakcji PCR, wyszukiwania i analizy promotora genu. Uczestnicy uzyskają podstawową wiedzę i umiejętności z zakresu analizy statystycznej danych, obróbki oraz przedstawiania wyników z wykorzystaniem narzędzi informatycznych.

- Wyszukiwanie sekwencji konkretnego genu w genomie z użyciem roślinnych, internetowych baz danych;

- Poszukiwanie genów homologicznych z użyciem sekwencji nukleotydowych i białkowych

- Analiza sekwencji, wycinanie intronów in silico (składanie genu), poszukiwanie domen sekwencji DNA (wyspy CpG etc.)

- Projektowanie starterów do reakcji PCR z uwzględnieniem izoform genu z wykorzystaniem różnych narzędzi internetowych

- Wyszukiwanie sekwencji promotorów genów, analiza miejsc regulatorowych. Internetowe bazy czynników transkrypcyjnych

- Obróbka, analiza statystyczna i interpretacja wyników

- Prezentacja wyników (prezentacje multimedialne, prace naukowe, plakaty etc.)

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://www.mendeley.com/

https://www.statsoft.pl/textbook/stathome.html

aktualna literatura naukowa

Po ukończeniu przedmiotu student

W zakresie wiedzy

Posiada wiedzę na temat istniejących baz danych roślinnych sekwencji genomowych.

Posiada wiedzę na temat dostępnych narzędzi cyfrowych niezbędnych do komputerowej obróbki danych.

Posiada wiedzę na temat opracowywania i prezentacji wyników z wykorzystaniem narzędzi informatycznych.

W zakresie umiejętności

Potrafi analizować podane sekwencje genetyczne, potrafi składać egzony z sekwencji genomowej, potrafi znajdować homologi genu.

Potrafi znaleźć sekwencję promotora i zanalizować ją wyszukując potencjalne miejsca regulatorowe.

Potrafi przygotować, przeliczyć i zanalizować statystycznie oraz wstępnie zinterpretować dane przy pomocy szeregu narzędzi informatycznych.

Potrafi przeprowadzić proste zadania badawcze pod kierunkiem opiekuna naukowego;

Przygotowuje opracowania pisemne i wytępienia z zakresu nauk przyrodniczych wraz z poprawną dokumentacją.

W zakresie kompetencji społecznych

Potrafi współpracować w grupie przyjmując w niej różne role, jest odpowiedzialny za pracę własną i zespołową.

Ma świadomość znaczenia wpływu biotechnologii roślin na stan środowiska naturalnego i jakość życia ludzi.

Poczuwa się do odpowiedzialności za powierzony mu sprzęt i aparaturę, stosuje się do zasad bezpieczeństwa i higieny pracy.

Ćwiczenia: 100%; aktywność podczas zajęć, zadanie na zaliczenie