Genomika z elementami bioinformatyki

Biotechnologia stosowana roślin

I stopnia

ogólnoakademicki

obowiązkowy

siódmy

Wiedza z zakresu genetyki klasycznej i molekularnej, znajomość budowy genomu organizmów eukariotycznych, znajomość organizacji DNA u organizmów eukariotycznych, zasady działania przeglądarek internetowych, znajomość podstaw statystyki. Znajomość języka angielskiego na poziomie komunikatywnym.

Bartosz Kozak

bartosz.kozak@upwr.edu.pl

Przedmiot ma na celu zapoznanie studentów z narzędziami analizy struktury i funkcjonowania genomów organizmów eukariotycznych. Na zajęciach omawiane będą narzędzia bioinformatyczne wykorzystywane w analizie genomowej(informacje sekwencyjne).

Student zostanie zapoznany z budową oraz funkcjonowaniem genomu organizmu eukariotycznego. Zapozna się z narzędziami wykorzystywanymi w analizie budowy genomu. Pozna narzędzia bioinformatyczne wykorzystywane w analizach genomów, takie jak: BLAST, CLUST. Zapozna się z internetowymi bazami danych (NCBI, EMBL) w których deponowane są informacje o poznanych genomach. W ramach przedmiotu zostaną przedstawione skryptowe języki programowania: R, perl, python, powszechnie wykorzystywane w bioinformatyce. Student zostanie zapoznany z zasadami pracy w środowisku Linux. Student pozna zasady pisania prostych skryptów oraz łączenia ich w ciągi „papline” zgodnie z zasadą KISS. Przedstawione zostaną metody pozyskiwania danych genomowych (metody sekwencjonowania genomów). Student zapozna się z zasadami tworzenia genetycznych oraz fizycznych baz danych.

Obowiązkowa:

• T. Brown, Genomy, PWN, Warszawa, 2008

• J.Xiong, Podstawy bioinformatyki, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, 2009

• https://www.r-project.org/

• https://www.bioconductor.org/

• http://biopython.org/

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Uzupełniająca:

• P. G. Higgs, T. K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, Warszawa, 2008

Po ukończeniu przedmiotu student

Ma elementarną wiedzę dotycząca technologii, baz danych, pozyskiwania i przetwarzania informacji

Zna budowę i funkcjonowanie genomów roślinnych

W zakresie wiedzy

Posiada umiejętności poszukiwania informacji, analizy i wykorzystania literatury i baz danych

Posługuje się terminologią specjalistyczną w języku polskim i nowożytnym języku obcym

W zakresie umiejętności

Potrafi wykorzystać podstawowe metody statystyczne i technologie informatyczne do analizy danych, opisu zjawisk biologicznych i formułowania wniosków

W zakresie kompetencji społecznych

Potrafi współpracować w grupie, przyjmując w niej różne role, jest odpowiedzialny za pracę własną i zespołową

Określa priorytety służące realizacji postawionego przez siebie lub innych zadania

Wiedza

Egzamin z treści wykładów oraz przygotowanie projekty (skryptu programu).

Umiejętności

Ocena umiejętności w trakcie wykonywania ćwiczeń.

Kompetencje społeczne

Praca w grupach, dyskusja na zajęciach, postawa na zaliczeniu.

ocena z ćwiczeń 75%, ocena z wykładu 25 %