Modele liniowe i mieszane na przykładzie analizy danych biologicznych

Student w czasie kursu zapoznawany jest z teoretycznymi i praktycznymi aspektami modelowania danych biologicznych i bioinformatycznych przy pomocy modeli liniowych i mieszanych. Szczególny nacisk kładziony jest na poznanie metod statystycznych oraz umiejętność zaprogramowania ich w pakiecie komputerowym R.

Wprowadzenie do pakietu R, modele liniowe, analiza wariancji, kryteria AIC, BIC i mBIC, regresja krokowa, modele mieszane, testowanie istotności estymowanych parametrów, test LRT, estymacja parametrów wariancji w modelach mieszanych.

Biecek P. (2011). Analiza danych z programem R. Modele liniowe z efektami stałymi, losowymi i mieszanymi, Wydawnictwo Naukowe PWN.

Biecek P. (2008). Przewodnik po pakiecie R. Oficyna Wydawnicza GiS.

Crawley M. J. (2007). The R Book. Wiley.

Po ukończeniu przedmiotu w zakresie wiedzy: Student w czasie kursu zapoznawany jest z teoretycznymi i praktycznymi aspektami modelowania danych biologicznych i bioinformatycznych przy pomocy modeli liniowych i mieszanych /Efekt sprawdzany systematycznie na ćwiczeniach i wykładach oraz podczas prezentacji wyników projektów./BI_P6S_WG06, BI_P6S_WG07, BI_P6S_WG08,Szczególny nacisk kładziony jest na poznanie metod statystycznych oraz umiejętność zastosowania tych metod do danych rzeczywistych w pakiecie komputerowym R./Efekt sprawdzany systematycznie na ćwiczeniach i wykładach oraz podczas prezentacji wyników projektów./BI_P6S_WG10,/ ; w zakresie umięjętności: Student zna wyposażenie laboratorium komputerowego oraz specyfikę i zasady bezpiecznej pracy w laboratorium komputerowym, - ma opanowane podstawowe wiadomości dotyczące statystycznego modelowania danych bioinformatycznych oraz obsługi pakietu statystycznego R. BI_P6S_UW01, BI_P6S_UW03,BI_P6S_UW04,Przeprowadza analizy statystyczne na danych rzeczywistych. BI_P6S_UW05, BI_P6S_UW06, BI_P6S_UW08, ; w zakresie kompetencji społecznych: Student krytycznie ocenia posiadany przez siebie zasób wiedzy. BI_P6S_KK01, ,

Zaliczenie ćwiczeń: Dwa projekty na ocenę wykonywanych w grupach rboczych. Obecność na ćwiczeniach jest obowiązkowa; student może mieć tylko jedną nieusprawiedliwioną nieobecność. W przypadku nieobecności usprawiedliwionej student jest zobowiązany do zaliczenia odpowiedniej części materiału. Zaliczenie ćwiczeń na podstawie średniej ocen.

Zaliczenie przedmiotu: Na podstawie oceny z ćwiczeń.